作为以木结构为主的古建筑群，防火是重中之重。国家文物局2001年在三原城隍庙投资修建了一套在当时来说比较先进的消防系统，每处木建上都安装了自动烟感器，在博物馆院内都布设了地上和地下消防管道，还设立了微型消防站，配备有发电机、灭火器等。