常某于2016年4月入职某网络公司。入职之初，公司通过电子邮件告知常某，公司采取指纹打卡考勤。员工手册规定：“21：00之后起算加班时间；加班需由员工提出申请，部门负责人审批。”常某于2016年5月至2017年1月期间，通过工作系统累计申请加班126小时。公司以公司规章制度中明确21:00之后方起算加班时间，21:00之前的不应计入加班时间为由，拒绝支付常某加班费差额。最终，公司不服仲裁裁决，诉至人民法院。那么，以规章制度否认劳动者加班事实是否有效？