1368年，朱元璋于南京称帝，建元洪武。立国之初，由于元朝残余势力退回漠北，北方成为明朝关注的军事重点。但在东南沿海，明朝依然保留了元朝设立的澎湖巡检司，隶属晋江县，作为治理台澎的行政机构。

        在明代台湾，随着大陆定居人口日渐增多，自三国始延续了千年的儒家文化，开始进一步影响其政治、经济制度和社会结构。与此同时，外力内渐，日本、荷兰等国海上势力开始侵扰台湾，明代中国也为之谱写了一部波澜壮阔的台湾保卫史。

        （一）

        从洪武元年起，由日本流亡武士、无业浪人和不法奸商组成的倭寇势力开始频频入侵东南沿海。洪武一朝31年的时间里，仅被确切记载的倭患事件就多达48次，小规模侵掠无计其数。明朝力量相对薄弱的台澎地区自然也成为倭寇的蹂躏之地，岛民对此苦不堪言。这引起了朝廷的高度重视，朱元璋将防倭列为重要国策，采取种种举措，力图消除倭患。

        立国之初，朱元璋欲以外交手段，釜底抽薪，迫使日本从源头上一揽子解决威胁沿海与台澎地区的倭患问题。但是，不断遣使赴日的积极外交却没有收到预期效果。尽管日本南朝和北朝分别于洪武四年、洪武七年开始就时常遣使朝贡，但倭患不仅未除，反而日益严重。这使朱元璋决定言明立场。洪武十三年（1380年），诏谕日本北朝国王：“蠹尔东夷，君臣非道，四扰邻邦……纵民为非，将必自殃乎。”洪武十四年（1381年），诏谕日本南朝室町幕府：“今日本迩年以来，自夸强盛，纵民为盗，贼害邻邦，若必欲较胜负，见是非，辩强弱，恐非将军之利也。”明朝对日政策遂转为消极外交，积极防御。

        增强海防，御敌于国门之外。洪武十七年（1384年），朱元璋找到开国将领汤和，对他说：“卿虽已年迈，但仍希望你能勉为其难，代朕前去整饬海防。”于是，已近花甲之年的汤和开始巡视沿海，构筑城防。在他的督促下，用了3年时间，在沿海一线新建59座卫所，招募58000余名兵士进驻守卫。同时，大规模增设巡检司，巡逻海上。洪武二十年（1387年），仅在福建一省，就增置巡检司45个。朱元璋下旨要求凡是天下要冲之地，都要设立巡检司。他还下令浙江、福建等地大量建造海船，扩充水军，派得力将领前去训练军士，增强海上作战能力。至此，明王朝在沿海一线布下了蔚为壮观的防御力量。至洪武二十年，明朝在漫长海岸线上共设置了58个卫、89个所，停放战舰2000多艘，布防军队30万人。因而洪武一朝，虽然倭患不断，但始终未成大祸。

        元末明初之际，由于局势不稳，大陆人前往台湾从事开发的人数日渐增多。洪武五年（1372年），汤和上奏朝廷，为防止流落台澎地区的方国珍、张士诚旧部胁岛民为祸作乱，建议迁台澎岛民于近海安置。只是朝廷并不愿主动放弃台澎地区，此事就此搁置。但到洪武二十年，倭患依然纵横为祸，给台澎民众造成了持续性的伤害和损失，农民出身的朱元璋深知百姓疾苦，实不忍大明子民继续忍受倭患之灾，遂采取权宜之计，“尽徙屿民，废巡司而墟其地”。

        尽管澎湖巡检司被暂时裁撤，但朝廷从未放弃对澎湖和台湾的主权管辖，郑和下西洋则强化了台湾的臣属地位。永乐年间，郑和下西洋，沿海诸藩国无不主动进拜朝贡，台湾作为直属却远避不至。郑和盛怒，率领水师进驻台湾，代表明朝中央权威，行使国家权力，引妈祖香火入台教化民众；亲植可驱寒祛湿的“三宝姜”、广投防疫治病的药物于井水之中，保民安康；赐铜铃于各少数民族部族首领，以示王权和怀柔之意。

        永乐一朝缔造的强大海上力量，使倭患遭到有力压制。

        万历二十年（1592年），倭寇进犯朝鲜，并有入侵台湾鸡笼、淡水之意。由于鸡笼与澎湖一衣带水，福建巡抚召集文武官员商量对策，决定先行增兵，据险守之。万历二十三年（1595年）四月，福建巡抚许孚远上疏朝廷，认为澎湖遥矗海中，是海外各方势力于海上必经之地，如果在岛上修筑城镇、设置营所，使驻扎军队且耕且守，以此占据海洋之要害，才有希望斩断海盗、倭寇的退守之路，使其不敢轻易来犯。万历二十五年（1597年），福建巡抚金学再次上奏朝廷，担心澎湖列岛因绵亘延袤而被倭寇占领，且澎湖离泉州只有一日船程，若倭寇盘踞澎湖则必会对泉州乃至福建构成威胁。他建议朝廷增设南路游击，在汛期前往澎湖驻守。

        经两任巡抚提议，为抗击海盗倭寇，明确对台澎地区的治权，朝廷决定增设澎湖游击。“迨万历二十五年，乃增设澎湖游兵，甚至料罗、东涌、大小甘山亦设远哨。”同时设澎湖游击一职，“属南路参将，驻厦门，而澎湖其遥领也”，由漳州和泉州共同负责澎湖守军的月粮供应。第二年，朝廷考虑到澎湖海岛孤立寡援，于是分别增设一名游击、把总和哨官，同时配备等量的船舰和兵士。又从海坛、南日、浯屿、铜山等海岛驻军中，各抽哨官一人，领坚船三只，汛期来时和澎湖水师一同出海巡逻，遥相呼应，以联声势。

        澎湖游击的设立使得澎湖列岛与福建、浙江沿海各要塞连为一体，极大增强了台澎地区的军事防御力量，台澎地区的防卫成为整个国家海防建设的重要一翼。明王朝对于台湾的主权意识也愈发坚定。